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我校年轻研究员卢坤等在Nucleic Acids Research发表重要数据库qPrimerDB
发布时间2017-08-22 13:27:01     作者:方凤玲    浏览次数: 次

821日,Oxford出版社著名期刊Nucleic Acids Research(《核酸研究》,最新影响因子10.162)在线发表了我校农学与生物科技学院、西南大学农业科学研究院和家蚕基因组生物学国家重点实验室共同完成的基因特异qPCR引物批量设计流程及基于该方法构建的qPrimerDB数据库(http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb,文章标题为qPrimerDB: A thermodynamics-based gene-specific qPCR primer database for 147 organisms”qPrimerDB:包含147个物种的基于热动力学的基因特异qPCR引物数据库)。

qPCR是现代分子生物学研究最重要的研究手段之一,广泛用于基因表达量检测、单核苷酸多态性基因分型、转基因生物检测和人类疾病诊断。但该方法的准确性和一致性与设计引物的特异性和扩增效率密切相关。虽然,qPCR引物可以人工设计,但该过程非常耗时,且很难保证引物的特异性、扩增效率一致性。为解决这一难题,李加纳教授团队的卢坤研究员与其指导的神农班本科生禾健和常玮共同完成了基于热动力学的基因特异qPCR引物设计流程构建,并对人、小鼠、家蚕、斑马鱼、线虫、酵母、拟南芥、水稻、玉米和油菜等共147个已完成全基因组测序物种的全基因组qPCR引物设计和验证分析,这147个物种包含80种动物(37种哺乳动物、17种昆虫、10种鱼类、4种鸟类和12种其他动物)、66种植物(39种双子叶植物、18种单子叶植物和9种其他植物)和1种真菌(酵母)。基于这些重要数据,卢坤研究员与家蚕基因组生物学国家重点实验室李田副研究员合作共同构建了qPrimerDB数据库,收录了147个物种共3331426个基因的51091785qPCR引物。在合作单位使用过程中,多位著名专家对qPrimerDB数据库表示了高度赞赏。加州大学戴维斯分校杰出教授、法国科学院院士William Lucas评价数据库时表示“I was very impressed with this achievement. I am certain that your qPrimerDB will be heavily used by the scientific community, worldwide!”。该数据库的建立为涉及相关检测分析的研究人员提供了宝贵的引物数据,极大地提高了不同研究人员结果的可比性,具有重要的意义和价值。这一成果也标志着我校在基因组数据挖掘和重要数据库建设方面达到了国际先进水平。

该论文的通讯作者是农学与生物科技学院、西南大学农业科学研究院的李加纳教授,卢坤研究员、李田副研究员和两位神农班学员禾健和常玮为共同第一作者。该研究工作得到了国家重大研发计划、国家自然科学基金、国家重点基础研究发展计划(973项目)、国家高技术研究发展计划(863计划)和高等学校学科创新引智计划(111项目)等项目的资助。

论文发表在线地址:https://doi.org/10.1093/nar/gkx725