近日，学院油菜分子育种团队在国际知名期刊Nucleic Acids Research上在线发表题为qPrimerDB 2.0: an updated comprehensive gene-specific qPCR primer database for 1172 organisms的研究论文，推出qPCR特异性引物数据库的2.0版本（qPrimerDB 2.0, https://qprimerdb.biodb.org/）。该数据库对2018年qPrimerDB数据库进行了重大更新，最新版本不仅涵盖了1172种生物的基因特异性引物资源，还引入了多项功能改进，显著提升了基因表达研究的效率和精度。

qPrimerDB 2.0在前版本基础上进行了大幅扩展，收录了来自1308个基因组的4.3亿个qPCR引物对，覆盖了4300万个基因。这一庞大的数据库为科研人员提供了极为丰富的基因特异性引物资源，适用于包括人类、小鼠、斑马鱼、酵母、拟南芥、水稻和玉米在内的多种重要模式生物。

为了满足基因组规模的引物设计需求，研究团队开发了基于Python语言的qPrimer (https://github.com/swu1019lab/qPrimer) 工具。该工具结合了Primer3和In-Silico PCR等程序，通过并行计算显著加快了引物设计速度，并在特异性和二级结构预测等方面进行了多项改进，确保设计出的引物具有高效性和可靠性。

qPrimerDB 2.0还推出了完整的在线引物分析系统，包括引物搜索、设计、检测和标注提交等功能模块。科研人员可以方便地查询目标基因的最佳引物对，设计新的qPCR引物，检测自定义引物的质量，并提交和标注经过验证的引物数据。这些功能极大地简化了引物设计和验证的工作流程，为基因表达分析提供了强有力的支持，有助于加速基因功能研究、病原检测、遗传测试等多领域的科学探索。

团队博士生黎小东、硕士生孟柏羽为共同第一作者，学院卢坤和张凯教授、资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室李田教授为共同通信作者。研究得到了国家自然科学基金、国家重点研发计划、重庆市自然科学基金、重庆市油菜产业体系和西南大学种质资源创制项目资助。

撰稿人：黎小东